Poucos anos após sua organização, a jovem e vigorosa Igreja teve a experiência de tremenda crise, que determinou nova fase em sua história. Numerosas famílias de nossos irmãos, agregados do irmão Sr. Elias, tiveram que abandonar a Fazenda Dourado em conseqüência da crescente incerteza quanto à posse jurídica daquela gleba de terras, pelo irmão Elias Antonio de Oliveira. De fato, este, não obstante seus esforços e despesas com a questão veio a perder suas terras. Muitas das famílias se transferiram para Três Coqueiros - hoje Iepê. Outras se fixaram no Vale Água dos Bugios - Anhuminhas. Assim, enquanto o templozinho, envelhecendo prematuramente, ficava deserto e esquecido, sendo posteriormente abandonado (por volta de 1917), outra forte congregação evangélica surgia em Bugios, cerca de três léguas - rumo do norte do Paraná, cerca de quarenta quilômetros de Assis. Novamente os irmãos sentiram a necessidade premente da construção de outro salão de cultos. E foi o que aconteceu. Necessidade, interesse, entusiasmo, amor, são fatores decisivos. Por isso em 25 de Novembro de 1917, como que comemorando o 4º aniversário da organização da Igreja, o reverendo Odilon de Moraes, em ambiente de festa e de alegria, inaugurava e consagrava ao serviço do Senhor, o segundo templo da IPI de Assis. Era de tábuas, maior e muito melhor que o primeiro. Mais de duzentas pessoas assistiram a solenidade. Uma grande benção, sem dúvida alguma. Nesse local se fixou, durante pouco tempo, a Segunda sede da Igreja. Porém, por questão de terras, também se perdeu o segundo templo. Mas nesse templo, aos 26 de Novembro de 1917, o conselho resolveu solicitar ao Presbitério do Sul, a transferência da sede da Igreja para Assis, bem como a mudança do nome, o que aconteceu em Fevereiro de 1918, ficando então - IGREJA PRESBITERIANA INDEPENDENTE DE ASSIS.